A principios del siglo XVIII, había a extramuros de la población una pequeña capilla en donde se veneraba la imagen de la Virgen de Cosamaloapan. Esta capilla la donó el gobierno diocesano para que contigua a ella se fabricase un convento destinado a monjas capuchinas, hijas de caciques. La construcción del templo se inició partiendo de la antigua capilla, con una orientación de sur a norte, en lugar de este a oeste, quedando de esta manera como portada lateral a que antes había funcionado como principal.
El inmueble de estilo barroco se ubica en la calle Juan de Ortega y Montañez, marcado con el número 290, del sector Nueva España y su orientación es de norte a sur.
Empezó la obra don Mateo de la Cerda y la continuó su hijo don Antonio, ambos caciques de Pátzcuaro, pero a su muerte, los sucesores, careciendo de medios para proseguir, hicieron donación y traspaso a Marcos Muñoz de Sanabria, arcediano de la catedral, rica persona quien costeó las obras del templo y convento hasta su conclusión en 1737.
Un incendio consumió el altar mayor y solamente se conservan 3 retablos barrocos.
Sabías que en el Templo de Capuchinas está enterrado el humanista y científico de origen moreliano, Juan José de Lejarza
Además, el precioso templo de estilo barroco y sus anexos fueron construidos en el siglo XVIII para dar albergue a indias nobles.
Durante el siglo XIX alojó a 33 religiosas que vivían bajo los principios franciscanos de pobreza. Hoy, en el Corazón del Centro Histórico, es parte de uno de los edificios más emblemáticos de nuestra Morelia.