Fundado por el jurista Vasco de Quiroga, el ahora museo, fungió desde 1540 como el Primitivo y Real Colegio de San Nicolás Obispo durante la época virreinal, antes de que el Colegio se trasladaraen 1580 a Valladolid (hoy Morelia). En él se transmitía la educación elemental a los niños y se preparaban a los sacerdotes de la época.
Sus posteriores usos, escuela para niñas, vecindad, centro de reuniones agraristas, cuartel militar y prisión fueron dándole la forma que hoy tiene. Hace poco más de 70 años, por una disposición gubernamental se creó el Museo de Artes e Industrias Populares en la ciudad de Pátzcuaro. Su fin era y es reivindicar el valor económico y estético de las manufacturas elaboradas en los pueblos purépechas. Y en el año 1942 se integra a la Red de Museos del INAH y desde entonces a la fecha, el museo ha experimentado varias transformaciones en su mobiliario, en el orden de la exposición y en su colección, como lo atestiguan fotografías y documentos fechados en diferentes momentos.
Cabe mencionar la remodelación efectuada en la década de 1970, cuando se agregaron vitrinas elaboradas por la familia de carpinteros Cerda de Pátzcuaro, y se liberó una parte de la yácata que se encuentra en el patio posterior.
También se debe mencionar este inmueble en el año 2010 fue objeto de una restauración integral, se encuentra ubicado en la parte alta del Centro Histórico de la ciudad de Pátzcuaro, su ubicación privilegiada hace que su portada ochavada se convierta en remate visual de la calle de Don Vasco, que arranca de la Plaza Vasco de Quiroga.
La actualización, tuvo como propósito restaurar y rehabilitar los espacios que se habían deteriorado con el paso del tiempo, para albergar nuevas colecciones e incorporar temáticas que faltaban en el anterior guión museístico.La temática del museo representa el trabajo y los oficios de cerca de los 50 pueblos purépechas originarios, los cuales se dividen en cuatro áreas: la Sierra, la Laguna, la Ciénega y la Cañada de los Once Pueblos.
Este museo es el primero en su género dentro de la República Mexicana. Cuenta entre otras cosas, con una de las mejores colecciones de lacas, maque y peribanas, verdaderas joyas artesanales.